Vattenmyndigheterna har det övergripande ansvaret att se till att EU:s ramdirektiv för vatten genomförs i Sverige.
Riksdagen beslutade i mars 2004 att Sverige ska delas in i fem vattendistrikt med en vattenmyndighet i varje distrikt. En länsstyrelse i varje vattendistrikt har utsetts till vattenmyndighet med ansvar för förvaltningen av kvaliteten på vattenmiljön inom distriktet.
De fem vattenmyndigheterna är länsstyrelserna i:
Norrbotten - Bottenvikens vattendistrikt
Västernorrland - Bottenhavets vattendistrikt
Västmanland - Norra Östersjöns vattendistrikt
Kalmar - Södra Östersjöns vattendistrikt
Västra Götaland - Västerhavets vattendistrikt
Karta över Sveriges fem vattendistrikt: 1.Bottenviken, 2.Bottenhavet, 3.Norra Östersjön, 4.Södra Östersjön, 5.Västerhavet. Copyright Lantmäteriet 2006. Ur GSD – produkter ärende 106-2004/188 BD
Vattenmyndigheterna samordnar arbetet i sitt vattendistrikt och de fastställer miljökvalitetsnormer, förvaltningsplaner och åtgärdsprogram.
Varje vattenmyndighet har en vattenvårdsdirektör som leder och ansvarar för arbetet. Till vattenvårdsdirektörens hjälp finns ett kansli som också arbetar med att samordna arbetet i och mellan vattendistrikten.
För varje vattenmyndighet finns det en särskild vattendelegation som fungerar som beslutsfattare inom vattenmyndighetens ansvarsområde.
På varje länsstyrelse i varje distrikt finns ett beredningssekretariat med uppgift att hjälpa vattenmyndigheten med att genomföra vattendirektivet. Arbetet ska ske i dialog med kommuner, vattensvårdsförbund och andra lokala vattenintressenter.